在使用PHP的exec()函数执行外部命令时，如果命令执行时间较长，可能会导致CPU占用率升高。这是因为exec()函数会阻塞当前进程，直到命令执行完成。为了避免这种情况，可以考虑以下几种解决办法：

1. 使用proc_open()代替exec()：
   proc_open()可以在子进程中执行外部命令，不会阻塞当前进程，从而避免CPU占用过高的问题。以下是一个使用proc_open()函数执行外部命令的示例代码：

   $descriptorspec = array(

   0 => array(\"pipe\", \"r\"), // 标准输入

   1 => array(\"pipe\", \"w\"), // 标准输出

   2 => array(\"pipe\", \"w\") // 标准错误

   );

   $process = proc_open(\"command\", $descriptorspec, $pipes);

   if (is_resource($process)) {

   fwrite($pipes[0], \"input data\");

   fclose($pipes[0]);

   $output = stream_get_contents($pipes[1]);

   fclose($pipes[1]);

   $error = stream_get_contents($pipes[2]);

   fclose($pipes[2]);

   proc_close($process);

   } else {

   echo \"Failed to execute command\";

   }

   使用proc_open()函数可以有效地减少因长时间命令执行导致的CPU占用问题。

2. 优化外部命令：
   检查并优化执行的外部命令，减少其执行时间。例如，优化SQL查询语句，减少不必要的数据处理等。

3. 限制PHP-FPM进程数：
   对于PHP-FPM的管理，可以调整进程数量和相关参数，例如pm.max_children，pm.start_servers，pm.min_spare_servers和pm.max_spare_servers，以更有效地管理资源和响应请求。

4. 使用消息队列：
   对于需要长时间运行的任务，可以使用消息队列将任务异步处理，从而避免阻塞主进程。

5. 服务器负载均衡：
   如果服务器负载较高，考虑使用负载均衡技术分散请求，减少单个CPU的负载。

6. 分析慢查询日志：
   开启PHP-FPM的慢查询日志，分析哪些请求导致高CPU占用，并针对性地进行优化。

7. 升级硬件：
   如果服务器硬件配置较低，考虑升级CPU或增加内存，以提高处理能力。

8. 代码优化：
   优化PHP代码，减少不必要的计算和内存使用，提高代码执行效率。

通过上述方法，可以有效降低使用exec()函数时CPU的占用率，提高服务器的响应速度和稳定性。