在PHP中，执行系统命令可以通过多种方式实现，每种方式都有其特定的用途和注意事项。以下是一些常用的方法来执行系统命令：

1. exec() 函数：
   exec() 函数执行外部程序，并且只返回最后一行的输出结果。如果你需要获取命令执行的完整输出，可以通过第二个参数传递一个数组变量来获取。

   $output = [];

   $returnValue = exec(\'ls -l\', $output, $returnVar);

   print_r($output);

   echo \"Return value: \" . $returnVar;

2. shell_exec() 函数：
   shell_exec() 函数执行命令，并且将完整的输出作为字符串返回。如果命令执行失败，则返回 NULL。

   $output = shell_exec(\'ls -l\');

   echo \"<pre>$output</pre>\";

3. system() 函数：
   system() 函数用于执行外部程序，并且显示输出结果。它是用于直接显示命令输出的最佳选择。

   system(\'ls -l\', $returnValue);

   echo \"Return value: \" . $returnValue;

4. passthru() 函数：
   passthru() 函数执行外部程序，并且直接将原始输出传递给浏览器。这个函数通常用于生成图像或者执行需要直接输出到浏览器的命令。

   passthru(\'cat /path/to/your/image.png\');

5. proc_open() 函数：
   proc_open() 函数是一个更高级的函数，它允许你打开一个进程并且与这个进程进行交互。你可以使用它来执行命令，读取输出，以及发送数据给进程。

   $descriptorspec = array(

   0 => array(\"pipe\", \"r\"), // stdin

   1 => array(\"pipe\", \"w\"), // stdout

   2 => array(\"file\", \"/tmp/error-output.txt\", \"a\") // stderr

   );

   $process = proc_open(\'ls -l\', $descriptorspec, $pipes);

   if (is_resource($process)) {

   $output = stream_get_contents($pipes[1]);

   fclose($pipes[1]);

   echo $output;

   fclose($pipes[0]);

   }

6. shell_exec() 与 ;：
   在使用 shell_exec() 时，需要注意的是，命令中的 ; 符号在不同的操作系统中可能有不同的行为。在类Unix系统中，; 是命令分隔符，而在Windows系统中，命令分隔符是 &。

   // Unix/Linux

   $output = shell_exec(\'command1; command2\');

   // Windows

   $output = shell_exec(\'command1 & command2\');

在使用这些函数时，安全性是一个重要的考虑因素。你应该避免直接将用户输入作为系统命令执行，以防止命令注入攻击。如果需要执行用户输入的命令，确保对输入进行适当的验证和清理。此外，对于敏感操作，最好使用内置的PHP函数来代替系统命令。