面对网站文章被恶意采集的问题，可以采取以下几种措施进行处理：

1. 设置合适的网站权限和robots协议：通过合理配置网站的访问权限和robots协议，可以有效防止未经授权的爬虫访问和抓取网站内容。

2. 开启浏览器完整性检查功能：此功能可以评估访问者浏览器的HTTP标头，以检查是否存在威胁。如果发现威胁，将显示认证页面，从而阻止恶意爬虫的访问。

3. 开启Web应用程序防火墙（WAF）：WAF可以帮助识别和阻止恶意的网络攻击，包括那些试图通过自动化工具采集网站内容的行为。

4. IP地址过滤：通过检查每个请求的IP地址，并根据需要拒绝它们的请求，可以阻止恶意爬虫的访问。尽管使用IP地址过滤有一些局限性，如恶意采集者可能使用代理服务器隐藏其真实IP地址，但仍然是一个有效的初步防护措施。

5. 页面内容防复制：对于一些特定的内容，如图片，可以通过添加水印或进行其他形式的处理来防止内容被轻易复制和采集。

6. 限制IP单位时间访问次数和频率：通过对IP地址进行访问次数和频率的限制，可以减少恶意爬虫对网站的影响。

7. 更新和维护网站软件：及时更新网站使用的软件和插件，修补已知的安全漏洞，可以减少被恶意利用的风险。

8. 使用强密码策略：确保网站后台管理账户采用复杂、独特的密码，并定期更改密码，以防止恶意用户通过猜测或破解密码的方式访问网站后台。

9. 获取SSL证书：为网站启用HTTPS加密传输，不仅可以保护用户数据的安全，还可以通过SSL证书来增强网站的信任度，从而间接提高网站的安全性。

通过综合运用上述措施，可以有效地减少网站文章被恶意采集的风险，保护网站内容不被非法使用。同时，也需要注意不断跟进最新的安全技术和漏洞，加强网站的安全防护措施。